En 1807 se firma entre España y Francia el tratado de Fointainebleau en el que se acuerda el reparto de Portugal. Así, Francia obtiene el permiso para entrar en España. La corte, por miedo a la ocupación francesa, abandona Madrid y se traslada a Aranjuez. En ese contexto, se produce el motín en el que está envuelto el hijo del rey Fernando VII y el rey abdica en el hijo. Así, Napoleón convoca a padre e hijo a Bayona y hacen que ambos renuncien a la corona, siendo el hermano de Napoleón coronado rey de España.

El 2 de mayo comienza una rebelión en Madrid contra los franceses que dará lugar a la guerra de independencia. En esa guerra habrá españoles en un bando y otro. Destacamos la derrota de Bailén de los franceses, a partir de la cual se repliegan al norte, y tiene que intervenir el mismo Napoleón en las operaciones. Pero continúan los asedios y la guerrilla, a la que se suma la ayuda de los ingleses.

En 1812 se produce la invasión de Francia a Rusia a la que desvía parte de su contingente en España, en 1813 los franceses van perdiendo la guerra, y en 1814 vuelve Fernando VII.